À sa sortie de prison Muraki rencontre un jour dans une maison de jeux Saeko, qui joue de façon audacieuse. Elle lui plaît et ils font la tournée des salles de jeux. Mais un nommé Yo, trafiquant de drogue et gangster, poursuit Saeko de ses assiduités.
Au début du XVIIe siècle, la tension monte entre les clans Toyotomi et Tokugawa, qui menacent d'entrer en guerre une nouvelle fois. Sasuke Sarutobi, un ninja de légende, est chargé d'observer les deux camps.
Peu de temps avant sa mort, un riche homme d'affaires souhaite voir ses trois enfants illégitimes. Son épouse, qui craint d'être dépouillée d'une partie de son héritage, s'y oppose. Le mari décide en outre de reconnaître comme maîtresse sa secrétaire et d'en faire ainsi une héritière....
Des paysans, endettés jusqu'au cou, sont dans l'impossibilité de rembourser le chef yakuza d'une maison de jeu. Ce dernier les fait kidnapper et demande à Zatoichi de servir d'intermédiaire pour collecter la somme exigée auprès du propriétaire de la maison de jeu rivale. Quand Zato se rend...
À une époque de tumulte politique dans le Japon du 19éme siècle, un rônin (samouraï sans maître) qui a tué un policier est libéré afin de former des troupes pour soutenir le régime.
