Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) ne se souvient plus de rien et mène une vie d'apparence normale à San Francisco. Il se rend régulièrement chez un psychiatre à qui il raconte ses rêves étranges et qui lui prescrit des pilules bleues....
Après avoir lutté avec son mari pour tomber enceinte, une femme demande à sa meilleure amie d'être sa mère porteuse, ce qui finit par mettre en péril leur amitié.
Un groupe de prisonniers piégés dans un bus de prison écrasé s'efforce de rester en vie lorsqu'ils se rendent compte qu'un mystérieux tueur se cache dans l'ombre.
