Sonic, Knuckles et Tails sont à nouveau réunis face à un puissant nouvel adversaire, Shadow, un mystérieux vilain doté de pouvoirs comme ils n'en ont encore jamais vu. Leurs habiletés étant toutes surclassées, l'Équipe Sonic doit tenter une alliance improbable dans l'espoir d'arrêter...
Une compagnie spécialisée en I.A. (Intelligence Artificielle) s'associe à un agent de la C.I.A. dans le but de tester illégalement, dans la jungle, des robots militaires autonomes, capables de gérer des prises d'otages et d'éliminer des terroristes. Problème : six médecins, en mission...
